2008年，神光Ⅱ第九路通过验收，第九路的输出能力为：
基频4.5kJ/3ns，300J/100ps
二倍频和三倍频效率>50%
四倍频200J/3ns或0.2J/80ps
安放第九路激光器的实验大厅于2003年开始基建施工，2004年交付使用。2004年5月开始第九路器件的进场和安装调试，2005年5月起投入试运行，至2008年1月，器件配合物理实验发射大能量近800发次，既考核了器件的运行能力，又较好地满足了物理实验的需求。2008年1月完成了全部8类16项指标的验收测试，测试结果表明第九路研制项目全面达到设计要求，并于10月通过了由中国科学院、中国工程物理研究院、国家高技术860-804专题专家组联合组织的验收。第九路的建成不仅满足了当前我国惯性约束聚变研究需求，也大大地促进了我国高功率激光技术的发展，为下一步建造更大规模的高功率激光器积累了有益的经验。
2008.设计高功率激光装置靶场终端光学组件(FOA)时考虑的重要因素是鬼像对光学元件的破坏。由于神光Ⅱ升级装置(SG-Ⅱ-U)的输出能量高、靶场空间小、鬼像分布情况复杂，导致了终端光学组件的设计难度很高。用自主研发的鬼像控制设计软件对神光Ⅱ升级装置靶场终端光学组件排布进行设计，给出了进行鬼像控制设计时需考虑的设计因素，并对比研究了两种靶场终端光学组件设计方案的优缺点，最后结合神光Ⅱ升级装置的特点，优化设计出神光Ⅱ升级装置靶场终端光学组件的最终排布方案。
2011年1月24日，中科院计划财务局会同大装置办组织专家对神光II装置承担的“空调系统更新”、“能源系统改造”和“靶场系统改造”三个重大维修改造项目进行验收。院计划财务局潘峰副局长、上海光机所陈卫标副所长、大装置办罗小安处长、验收专家组和装置的相关人员参加了验收会。
实验室主任朱健强分别对三个项目向验收专家组做了总结报告。专家们仔细询问了相关情况，考察了装置的维修改造情况，查阅了课题组的实验记录和测试报告。验收组分别就技术、财务和档案对项目进行了分项验收，经过认真的讨论，一致同意项目通过验收。
在中科院计划财务局大力支持下，神光II装置对能源系统、空调净化系统、靶场系统等方面进行了维修改造。维改项目的成功实施为神光II装置的稳定、安全、可靠运行提供了有效保障。
近年来，神光Ⅱ装置的年打靶发次和运行成功率均得到显著提高，稳定运行指标达到国际先进水平。神光II装置已发展成为我国为数不多的高功率激光物理重要实验平台，为我国惯性约束聚变事业和相关基础科研做出了重要贡献。
2011年5月17－18日，中国科学院计划财务局会同高技术研究与发展局组织专家对神光Ⅱ高功率激光实验装置（简称神光II）2010年运行经费的决算情况及2011年运行计划和经费预算进行了实地审核。审核组由上海应用物理研究所、高能物理研究所、中国科技大学等单位的相关专家组成，院计划财务局潘锋副局长、基地处罗小安处长、高技术研究与发展局光电空间处肖伟刚等参加会议。
专家组首先听取了神光Ⅱ运行负责人朱宝强研究员关于运行与经费情况的汇报。在审阅了相关报告及资料并进行现场考察后，与会专家一致认为：神光II装置在2010年度超额完成了运行计划，保证了实验打靶任务的顺利实施，2011年度神光II运行计划制定合理。
潘锋副局长现场考察了神光II装置的部分备品备件库房，并在会议总结中指出，神光Ⅱ高功率激光实验装置多年的稳定运行在解决国家战略安全、能源战略需求等方面起到了至关重要的作用，希望进一步加强装置的开放利用，多出高水平的科研成果，提高经费使用效率。
2012年8月17日，中科院计划财务局组织专家对神光II装置承担的“神光Ⅱ装置物理实验所需配套常规诊断设备的研制”和“神光II光束控制和参数测量分系统改造”两个维修改造项目进行验收。中科院计划财务局潘锋副局长、上海光机所祝如荣副所长、联合实验室朱健强主任、验收专家组和装置的相关人员参加了验收会。
