也可以对透明材料进行表面加工，例如对人眼。在LASIK手术中为了切割角膜基质层，fs脉冲聚焦到人眼附近，对周围不造成伤害的情况下，在一个可控深度下击穿人眼。角膜基质层可以拉起来供准分子激光切削。超短激光在医学上的其他应用包括皮肤学中的浅穿透、OCT技术等。
fs光纤激光在科学研究中的应用包括激光诱导击穿光谱、时间分辨荧光光谱以及材料研究。也用于产生fs频率梳。近期频率梳的应用是在未来一代GPS卫星上使用的原子钟，使其对地面上的位置分辨率更精确。
单频光纤激光器可达到线宽小于1kHz，该设备非常小，输出光在掺铒光纤输出带，输出功率在10mW到1W之间。它可用于通信、计量学(如光纤陀螺)和光谱学。
光纤激光的未来
和其他研究一样，光纤激光器仍有很多内容需要继续研究。例如用相干合成或光谱合成的办法，合成光纤激光成为高光束质量的单光束。光纤激光器在工业应用上正在迅速发展，特别是在自动化领域。透过价格和性能这些改进来看，更实用的飞秒和超连续谱源会出现。光纤激光器正在推进超越自身的市场，已经进军其他市场，它也是推进其他激光器变得更好的动力。
