邱勇面向国家战略需求，积极承担国家的重大研究任务。作为项目负责人，先后承担了国家自然科学基金委、国家发改委、国家信息产业部、国家科技部的等多项有机电子学的重大或重点攻关项目。邱勇积极探索高技术产业化道路。2002年在国内建成第一条OLED中试线。2005年11月，在邱勇主持下，中国大陆第一条0LED大规模生产线在昆山开工建设，这标志着我国在显示产业上第一次依靠自主研发和创新取得重要突破，对我国显示产业的跨越式发展具有重大现实意义。
在新型有机电致发光材料的开发中，邱勇首次提出了采用多齿配体和混合配位来设计分子结构以改善材料性能的思路，合成了具有自主知识产权的基于三齿配体的新型的有机发光材料，并将该材料成功用于9条线/毫米、64×3×64国内首块全彩色0LED显示屏。
在OTFT的研究方面，邱勇系统研究了水、氧、光等外界条件对OTFI、寿命的影响，分析提出了器件的动态老化机理，开发研制了交替多层膜用于OTFT的封装。发现了有机薄膜晶体管光对器件阀值电压的可逆调控作用，开辟了新的器件应用途径。在国内首次研制成功柔性晶体管，并用于驱动OLED。研制出高性能的量子点敏化纳米二氧化钛太阳能电池。
邱勇在管理工作也付出了大量的心血。他曾先后担任学生辅导员、系党委研究生工作组组长、系党委副书记、系主任等职，在工作中取得突出成绩。他2002年开始担任化学系系主任，注重人才引进与培养相结合，大力加强师资队伍建设，促进了化学系教学、科研水平的全面提升。如化学系在发表科学研究论文和获国家自然科学基金的数量方面在清华大学名列前茅，教学和科研等各项工作都取得了很大成绩，2003年后，成为化学系发展最为迅速的时期之一。
